조세특례제한법 일부개정법률안

현행 조세특례제한법

2026.09.18 시행 · 재정경제부

제66조 영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등

① 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제4조에 따라 농어업경영정보를 등록한 영농조합법인(이하 "영농조합법인"이라 한다)에 대해서는 2026년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 곡물 및 기타 식량작물재배업에서 발생하는 소득(이하 "식량작물재배업소득"이라 한다) 전액과 식량작물재배업소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 범위의 금액에 대하여 법인세를 면제한다. <개정 2013.1.1, 2014.1.1, 2015.12.15, 2018.12.24, 2021.12.28, 2023.12.31> ② 영농조합법인의 조합원이 영농조합법인으로부터 2026년 12월 31일까지 받는 배당소득 중 식량작물재배업소득에서 발생한 배당소득 전액과 식량작물재배업소득 외의 소득에서 발생한 배당소득 중 대통령령으로 정하는 범위의 금액에 대해서는 소득세를 면제한다. 이 경우 식량작물재배업소득에서 발생한 배당소득과 식량작물재배업소득 외의 소득에서 발생한 배당소득의 계산은 대통령령으로 정하는 바에 따른다. <개정 2013.1.1, 2014.1.1, 2015.12.15, 2018.12.24, 2021.12.28, 2023.12.31> ③ 영농조합법인이 조합원에게 지급하는 배당소득 중 제2항에 따라 소득세가 면제되는 금액을 제외한 배당소득으로서 2026년 12월 31일까지 받는 소득에 대한 소득세의 원천징수세율은 「소득세법」 제129조에도 불구하고 100분의 5로 하고, 그 배당소득은 「소득세법」 제14조제2항에 따른 종합소득과세표준에 합산하지 아니한다. <개정 2013.1.1, 2014.1.1, 2015.12.15, 2018.12.24, 2021.12.28, 2023.12.31> ④ 삭제 <2025.12.23> ⑤ 삭제 <2025.12.23> ⑥ 삭제 <2025.12.23> ⑦ 대통령령으로 정하는 농업인이 2026년 12월 31일 이전에 영농조합법인에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 현물출자하는 경우에는 이월과세를 적용받을 수 있다. <개정 2013.1.1, 2015.6.22, 2015.12.15, 2018.12.24, 2021.12.28, 2023.12.31, 2025.12.23> 1. 농지 또는 「초지법」 제5조에 따른 초지조성허가를 받은 초지(이하 "초지"라 한다) 2. 「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법」 제3조제1호에 따른 농작물재배업ㆍ축산업 및 임업에 직접 사용되는 부동산(제1호에 따른 부동산은 제외한다) ⑧ 제1항ㆍ제2항 및 제7항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청을 하여야 한다. <개정 2025.12.23> ⑨ 제7항을 적용받은 농업인이 현물출자로 취득한 주식 또는 출자지분의 100분의 50 이상을 출자일부터 3년 이내에 처분하는 경우에는 처분일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 제7항에 따른 이월과세액(해당 영농조합법인이 이미 납부한 세액을 제외한 금액을 말한다)을 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도소득세로 납부하여야 한다. <신설 2014.1.1

제68조 농업회사법인에 대한 법인세의 면제 등

① 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제4조에 따라 농어업경영정보를 등록한 농업회사법인(이하 "농업회사법인"이라 한다)에 대해서는 2026년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 식량작물재배업소득 전액과 식량작물재배업소득 외의 작물재배업에서 발생하는 소득 중 대통령령으로 정하는 범위의 금액에 대하여 법인세를 면제하고, 작물재배업에서 발생하는 소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득에 대해서는 최초로 해당 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도를 말한다)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 소득에 대한 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. <개정 2013.1.1, 2014.1.1, 2015.12.15, 2018.12.24, 2021.12.28, 2023.12.31> ② 삭제 <2025.12.23> ③ 대통령령으로 정하는 농업인이 2026년 12월 31일 이전에 농업회사법인(「농지법」 제2조제3호에 따른 농업법인으로 한정한다)에 제66조제7항 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 현물출자하는 경우에는 이월과세를 적용받을 수 있다. 이 경우 제66조제9항 및 제10항을 준용한다. <개정 2013.1.1, 2014.1.1, 2015.6.22, 2015.12.15, 2018.12.24, 2021.12.28, 2023.12.31, 2025.12.23> ④ 농업회사법인에 출자한 거주자가 2026년 12월 31일까지 받는 배당소득 중 식량작물재배업소득에서 발생한 배당소득 전액에 대해서는 소득세를 면제하고, 식량작물재배업소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득에서 발생한 배당소득은 「소득세법」 제14조제2항에 따른 종합소득과세표준에 합산하지 아니한다. 이 경우 식량작물재배업소득에서 발생한 배당소득과 식량작물재배업소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득에서 발생한 배당소득의 계산은 대통령령으로 정하는 바에 따른다. <개정 2011.12.31, 2013.1.1, 2014.1.1, 2015.12.15, 2018.12.24, 2021.12.28, 2023.12.31> ⑤ 제1항ㆍ제3항 및 제4항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청을 하여야 한다. ⑥ 삭제 <2025.12.23>

제106조 부가가치세의 면제 등

①다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호부터 제3호까지, 제4호의5 및 제12호는 2026년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하고, 제4호의2, 제5호 및 제9호의2는 2028년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하며, 제8호 및 제8호의2는 2014년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 것에만 적용하고, 제8호의3은 2015년 1월 1일부터 2028년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 것에만 적용하며, 제9호는 2023년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하고, 제9호의3은 2024년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용한다. <개정 1999.4.30, 1999.8.31, 1999.12.28, 2000.12.29, 2001.5.24, 2002.8.26, 2003.5.29, 2003.12.30, 2004.7.26, 2004.12.31, 2005.12.31, 2006.12.30, 2007.12.31, 2008.2.29, 2008.12.26, 2010.1.1, 2010.12.27, 2011.12.31, 2013.1.1, 2013.3.23, 2013.6.7, 2014.1.1, 2014.12.23, 2015.8.11, 2015.8.28, 2015.12.15, 2016.1.19, 2016.2.3, 2016.12.20, 2017.12.19, 2018.12.24, 2019.12.31, 2020.6.9, 2020.12.29, 2021.12.28, 2022.12.31, 2023.12.31, 2025.10.1, 2025.12.23> 1. 「전기사업법」 제2조에 따른 전기사업자가 전기를 공급할 수 없거나 상당한 기간 전기공급이 곤란한 도서(島嶼)로서 기후에너지환경부장관(같은 법 제98조에 따라 위임을 받은 기관을 포함한다)이 증명하는 도서지방의 자가발전에 사용할 목적으로 「수산업협동조합법」에 따라 설립된 수산업협동조합중앙회에 직접 공급하는 석유류 2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 음식용역(식사류로 한정한다). 이 경우 위탁급식 공급가액의 증명 등 위탁급식의 부가가치세 면제에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 가. 공장, 광산, 건설사업현장 및 「여객자동차 운수사업법」에 따른 노선 여객자동차운송사업장의 경영자가 그 종업원의 복리후생을 목적으로 해당 사업장의 구내에서 식당을 직접 경영하여 공급하는 음식용역 나. 「여객자동차 운수사업법」 제11조에 따른 공동운수협정을 체결한 노선 여객자동차운송사업자로 구성된 조합이 그 사업자의 종업원에게 제공하기 위하여 대통령령으로 정하는 위탁 계약을 통하여 공급받는 음식용역 다. 「초ㆍ중등교육법」 제2조 및 「고등교육법」 제2조에 따른 학교의 경영자가 학생의 복리후생을 목적으로 학교 구내에서 식당을 직접 경영하여 공급하는 음식용역 라.

제106조의2 농업ㆍ임업ㆍ어업용 및 연안여객선박용 석유류에 대한 부가가치세 등의 감면 등

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 석유류(「석유 및 석유대체연료 사업법」에 따른 석유제품을 말한다. 이하 이 조에서 "면세유"라 한다)의 공급에 대해서는 부가가치세와 제조장 또는 보세구역에서 반출되는 것에 대한 개별소비세, 교통ㆍ에너지ㆍ환경세, 교육세 및 자동차 주행에 대한 자동차세(이하 이 조에서 "자동차세"라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 면제한다. 이 경우 제1호는 2026년 12월 31일까지 공급하는 것에만 적용하고, 제2호는 2026년 12월 31일까지 공급하는 것에만 적용한다. <개정 2011.12.31, 2015.12.15, 2018.12.24, 2020.12.29, 2021.12.28, 2022.12.31, 2023.12.31, 2025.12.23> 1. 대통령령으로 정하는 농민, 임업에 종사하는 자 및 어민(이하 이 조에서 "농어민등"이라 한다)이 농업ㆍ임업 또는 어업에 사용하기 위한 석유류로서 대통령령으로 정하는 것 2. 연안을 운항하는 여객선박 (「관광진흥법」 제2조에 따른 관광사업 목적으로 사용되는 여객선박은 제외한다)에 사용할 목적으로 「한국해운조합법」에 따라 설립된 한국해운조합에 직접 공급하는 석유류 ② 주유소 등 대통령령으로 정하는 석유판매업자(이하 이 조에서 "석유판매업자"라 한다)가 부가가치세, 개별소비세, 교통ㆍ에너지ㆍ환경세, 교육세 및 자동차세가 과세된 석유류를 공급받아 농어민등에게 공급한 석유류가 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 석유판매업자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청하여 면제되는 세액을 환급받거나 납부 또는 징수할 세액에서 공제받을 수 있다. <개정 2011.5.19, 2011.12.31> ③ 농어민등이 면세유를 공급받기 위하여는 「농업협동조합법」에 따른 조합, 「산림조합법」에 따른 조합 및 「수산업협동조합법」에 따른 조합(이하 이 조에서 "면세유류 관리기관인 조합"이라 한다)에 대통령령으로 정하는 농업기계, 임업기계 및 어업기계 또는 선박 및 시설(이하 이 조에서 "농기계등"이라 한다)의 보유 현황과 영농ㆍ영림 또는 어업경영 사실을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하여야 하며, 농기계등의 취득ㆍ양도 또는 농어민등의 사망, 이농(離農) 등으로 그 신고 내용에 달라진 사항이 있으면 그 사유 발생일부터 30일 이내에 그 변동 내용을 신고하여야 한다. <개정 2013.1.1> ④ 농어민등이 면세유를 공급받으려면 면세유류 관리기관인 조합으로부터 대통령령으로 정하는 면세유류 구입카드 또는 출고지시서(이하 이 조에서 "면세유류 구입카드등"이라 한다)를 발급받아야 한다. ⑤ 농어민등이 면세유를 농기계등에 사용하려는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 사항을 준수하여야 한다.

제121조의23 농업협동조합중앙회의 분할 등에 대한 과세특례

① 「농업협동조합법」에 따른 농업협동조합중앙회(이하 이 조에서 "농업협동조합중앙회"라 한다)가 2017년 12월 31일까지 「농업협동조합법」 제161조의2, 제161조의10부터 제161조의12까지와 법률 제10522호 농업협동조합법 일부개정법률 부칙 제6조에 따라 분할하는 경우에는 「법인세법」 제47조제1항의 요건을 갖춘 분할로 보아 이 법과 「법인세법」의 분할에 관한 규정을 적용하고, 이를 「부가가치세법」 제9조 및 제10조에 따른 재화의 공급으로 보지 아니한다. <개정 2013.6.7, 2014.1.1, 2016.12.27> ② 「농업협동조합법」 제161조의10에 따른 농협금융지주회사(이하 이 조에서 "농협금융지주회사"라 한다)가 농업협동조합중앙회와 2012년 6월 30일까지 「상법」 제360조의2에 따른 주식의 포괄적 교환(이하 이 조에서 "주식의 포괄적 교환"이라 한다)을 하는 경우에는 제38조제1항제1호의 요건을 갖춘 것으로 본다. <개정 2014.12.23, 2016.12.27> ③ 「농업협동조합법」 제161조의2에 따른 농협경제지주회사(이하 이 조에서 "농협경제지주회사"라 한다)가 농업협동조합중앙회와 2017년 12월 31일까지 주식의 포괄적 교환을 하는 경우에는 제38조제1항제1호의 요건을 갖춘 것으로 본다. <신설 2014.1.1, 2014.12.23, 2016.12.27> ④ 농협협동조합중앙회가 제1항에 따른 분할로 인하여 취득한 주식에 대하여 분할 당시 발생한 자산의 양도차익에 상당하는 금액으로서 손금에 산입하여 과세를 이연받은 금액은 해당 분할로 취득한 주식을 제3항에 따라 농협경제지주회사와 주식의 포괄적 교환을 하는 경우에 대통령령으로 정하는 바에 따라 다시 과세를 이연받을 수 있다. <신설 2014.12.23> ⑤ 농협경제지주회사와 법률 제10522호 농업협동조합법 일부개정법률 부칙 제6조에 따른 분할로 설립된 그 자회사가 대통령령으로 정하는 사업을 위한 목적으로 「농업협동조합법」에 따라 설립된 조합(조합원 및 조합공동사업법인을 포함한다)에 지출하는 금전, 재화 또는 용역에 대해서는 「법인세법」 제24조, 제25조 및 제52조를 적용하지 아니한다. <신설 2014.12.23> ⑥ 농업협동조합중앙회에 대해서는 「법인세법」 제29조를 적용하는 경우 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위에서 고유목적사업준비금을 손금에 산입할 수 있다. <개정 2013.3.23, 2014.1.1, 2014.12.23, 2016.12.27, 2018.12.24, 2025.10.1> 1. 「법인세법」 제29조제1항제1호가목 및 나목에 따른 소득금액 2. 「농업협동조합법」 제159조의2에 따라 농업협동조합의 명칭을 사용하는 법인에 대해서 부과하는 농업지원사업비 수입금액에 100분의 70에서 100분의 100까지의 범위에서 재정경제부장관과 농림축산식품부장관이 협의하여 재정경제부령으로 정하는 비율을 곱하여 산출한 금액 3.

시행령·시행규칙

• 조세특례제한법 시행령 (2026.09.18 시행)
• 조세특례제한법 시행규칙 (2026.09.18 시행)

출처: 국가법령정보센터