조세특례제한법 일부개정법률안

현행 조세특례제한법

2026.09.18 시행 · 재정경제부

제62조 공공기관이 혁신도시 등으로 이전하는 경우 법인세 등 감면

① 「혁신도시 조성 및 발전에 관한 특별법」 제2조제2호에 따른 이전공공기관(이하 이 조에서 "이전공공기관"이라 한다)이 본점 또는 주사무소(이하 이 조에서 "본사"라 한다)를 같은 법 제2조제3호에 따른 혁신도시(이하 이 조에서 "혁신도시"라 한다) 또는 「세종특별자치시 설치 등에 관한 특별법」에 따른 세종특별자치시(이하 이 조에서 "세종시"라 한다)로 이전하기 위하여 「혁신도시 조성 및 발전에 관한 특별법」 제2조제6호의 종전부동산으로서 대통령령으로 정하는 부동산(이하 이 조에서 "종전부동산"이라 한다)을 2026년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 양도차익에 대해서는 해당 양도차익에서 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 「법인세법」 제13조제1항제1호에 따른 이월결손금을 뺀 금액의 범위에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니할 수 있다. 이 경우 해당 금액은 양도일이 속하는 사업연도 종료일 이후 5년이 되는 날이 속하는 사업연도부터 5개 사업연도의 기간 동안 균분한 금액 이상을 익금에 산입하여야 한다. <개정 2013.1.1, 2014.1.1, 2015.12.15, 2017.12.26, 2018.12.24, 2021.12.28, 2023.12.31> ② 제1항을 적용받는 내국법인에 대하여는 대통령령으로 정하는 바에 따라 제61조제5항을 준용한다. 이 경우 "수도권과밀억제권역 밖"은 "혁신도시 또는 세종시"로 보고, "수도권과밀억제권역"은 "수도권"으로 보며, "수도권과밀억제권역의 본점 또는 주사무소의 대지와 건물"은 "종전부동산"으로 본다. <개정 2014.1.1> ③ 제1항을 적용받으려는 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 토지등 양도차익 명세서 등을 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. ④ 「수도권정비계획법」 제6조제1항제2호에 따른 성장관리권역(이하 이 조에서 "성장관리권역"이라 한다)에 본사가 소재하는 이전공공기관이 2018년 12월 31일까지 혁신도시로 본사를 이전하는 경우, 이전공공기관은 과세연도별로 제1호의 금액에 제3호의 비율을 곱하여 산출한 금액에 상당하는 소득에 대하여 이전일 이후 이전공공기관에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(이전일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 소득이 발생하지 아니한 경우에는 이전일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지는 법인세의 전액을, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. <개정 2014.12.23, 2015.12.15, 2017.12.19> 1. 해당 과세연도의 과세표준에서 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도차익 및 대통령령으로 정하는 소득을 뺀 금액 2. 삭제<2017.12.19> 3.

제121조의34 기회발전특구로 이전하는 기업에 대한 과세특례

① 수도권에서 3년(중소기업은 2년) 이상 계속하여 사업을 한 내국인이 기회발전특구로 이전하기 위하여 수도권에 있는 대통령령으로 정하는 사업용 부동산(이하 이 조에서 "종전사업용부동산"이라 한다)을 2026년 12월 31일까지 양도하는 경우 종전사업용부동산의 양도에 따른 양도차익 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(이하 이 조에서 "양도차익상당액"이라 한다)에 대해서는 다음 각 호의 방법에 따라 익금에 산입하지 아니하거나 양도소득세를 과세이연받을 수 있다. 1. 법인: 양도차익상당액을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니하는 방법. 이 경우 해당 금액은 기회발전특구에 있는 사업용 부동산(이하 이 조에서 "신규사업용부동산"이라 한다) 처분일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하여야 한다. 2. 거주자: 양도차익상당액에 대한 양도소득세를 양도일이 속하는 해당 연도의 양도소득세 과세표준 확정신고기한까지 납부하여야 할 양도소득세로 보지 아니하는 방법. 이 경우 해당 세액은 신규사업용부동산 처분일이 속하는 해당 연도에 납부하여야 한다. ② 제1항이 적용되는 기회발전특구로의 이전은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로 한다. 1. 신규사업용부동산을 취득하여 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 종전사업용부동산을 양도하는 경우 2. 종전사업용부동산을 양도한 날부터 3년 이내에 신규사업용부동산을 취득하여 사업을 개시하는 경우 ③ 제1항을 적용받은 내국인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 익금에 산입하거나 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 익금에 산입할 금액 또는 납부할 세액에 관하여는 제33조제3항 후단을 준용한다. 1. 신규사업용부동산을 취득하여 사업을 개시한 날부터 3년 이내에 그 사업을 폐지하거나 법인이 해산한 경우 2. 제2항에 따라 사업용 부동산을 기회발전특구로 이전하지 아니한 경우 3. 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업을 이전하지 아니하였다고 인정되는 경우 ④ 제1항부터 제3항까지를 적용하는 경우 양도차익상당액의 계산 및 그 산입방법, 사업 폐지 등에 관한 판단기준, 양도차익명세서의 제출 및 그 밖의 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제121조의35 기회발전특구집합투자기구 투자자에 대한 과세특례

① 거주자가 2026년 12월 31일까지 제2항에 따른 전용계좌에 가입하고 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 집합투자기구 등(이하 이 조에서 "기회발전특구집합투자기구"라 한다)에 투자하여 발생하는 이자소득 또는 배당소득(전용계좌의 가입일부터 10년 이내에 지급받는 경우로 한정한다)은 「소득세법」 제129조에도 불구하고 100분의 9의 세율을 적용하고, 같은 법 제14조제2항에 따른 종합소득과세표준에 합산하지 아니한다. <개정 2024.12.31> 1. 대통령령으로 정하는 종류의 집합투자기구 등일 것 2. 기회발전특구의 기반시설 및 입주기업 등에 대한 투자로서 대통령령으로 정하는 투자대상에 집합투자재산의 100분의 60 이상으로서 대통령령으로 정하는 비율 이상을 투자할 것 ② 제1항의 과세특례는 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 계좌(이하 이 조에서 "전용계좌"라 한다)를 통하여 투자하는 경우에 적용한다. 1. 1명당 1개의 전용계좌만 가입할 것 2. 납입한도가 3억원 이하일 것 3. 기회발전특구집합투자기구의 지분증권 또는 수익증권에만 투자할 것 ③ 기회발전특구집합투자기구 및 전용계좌의 구체적 요건, 투자금액의 계산방법, 전용계좌의 확인 등 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ④ 전용계좌를 관리하는 금융회사등은 기회발전특구집합투자기구에 투자한 자(이하 이 조에서 "투자자"라 한다)가 가입한 날부터 10년이 되는 날 전에 계좌를 해지하는 경우(투자자의 사망ㆍ해외이주 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유로 계좌를 해지하는 경우는 제외한다)에는 과세특례를 적용받은 소득세에 상당하는 세액을 제146조의2에 따라 추징하여야 한다. ⑤ 투자자가 가입한 날부터 10년이 되는 날 전에 납입한 금액을 인출하는 경우(납입된 금액의 합계액을 초과하는 부분이 있어 그 초과하는 금액을 인출하는 경우는 제외한다)에는 해당 인출일에 계좌가 해지된 것으로 보아 제4항을 적용한다.

시행령·시행규칙

• 조세특례제한법 시행령 (2026.09.18 시행)
• 조세특례제한법 시행규칙 (2026.09.18 시행)

출처: 국가법령정보센터