조세특례제한법 일부개정법률안

현행 조세특례제한법

2026.09.18 시행 · 재정경제부

제62조 공공기관이 혁신도시 등으로 이전하는 경우 법인세 등 감면

① 「혁신도시 조성 및 발전에 관한 특별법」 제2조제2호에 따른 이전공공기관(이하 이 조에서 "이전공공기관"이라 한다)이 본점 또는 주사무소(이하 이 조에서 "본사"라 한다)를 같은 법 제2조제3호에 따른 혁신도시(이하 이 조에서 "혁신도시"라 한다) 또는 「세종특별자치시 설치 등에 관한 특별법」에 따른 세종특별자치시(이하 이 조에서 "세종시"라 한다)로 이전하기 위하여 「혁신도시 조성 및 발전에 관한 특별법」 제2조제6호의 종전부동산으로서 대통령령으로 정하는 부동산(이하 이 조에서 "종전부동산"이라 한다)을 2026년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 양도차익에 대해서는 해당 양도차익에서 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 「법인세법」 제13조제1항제1호에 따른 이월결손금을 뺀 금액의 범위에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니할 수 있다. 이 경우 해당 금액은 양도일이 속하는 사업연도 종료일 이후 5년이 되는 날이 속하는 사업연도부터 5개 사업연도의 기간 동안 균분한 금액 이상을 익금에 산입하여야 한다. <개정 2013.1.1, 2014.1.1, 2015.12.15, 2017.12.26, 2018.12.24, 2021.12.28, 2023.12.31> ② 제1항을 적용받는 내국법인에 대하여는 대통령령으로 정하는 바에 따라 제61조제5항을 준용한다. 이 경우 "수도권과밀억제권역 밖"은 "혁신도시 또는 세종시"로 보고, "수도권과밀억제권역"은 "수도권"으로 보며, "수도권과밀억제권역의 본점 또는 주사무소의 대지와 건물"은 "종전부동산"으로 본다. <개정 2014.1.1> ③ 제1항을 적용받으려는 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 토지등 양도차익 명세서 등을 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. ④ 「수도권정비계획법」 제6조제1항제2호에 따른 성장관리권역(이하 이 조에서 "성장관리권역"이라 한다)에 본사가 소재하는 이전공공기관이 2018년 12월 31일까지 혁신도시로 본사를 이전하는 경우, 이전공공기관은 과세연도별로 제1호의 금액에 제3호의 비율을 곱하여 산출한 금액에 상당하는 소득에 대하여 이전일 이후 이전공공기관에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(이전일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 소득이 발생하지 아니한 경우에는 이전일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지는 법인세의 전액을, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. <개정 2014.12.23, 2015.12.15, 2017.12.19> 1. 해당 과세연도의 과세표준에서 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도차익 및 대통령령으로 정하는 소득을 뺀 금액 2. 삭제<2017.12.19> 3.

제71조의2 인구감소지역 주택 취득자에 대한 양도소득세 및 종합부동산세 과세특례

① 주택, 조합원입주권(「소득세법」 제88조제9호의 조합원입주권을 말한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 분양권(같은 조 제10호의 분양권을 말한다. 이하 이 항에서 같다) 중 1채 또는 1개를 보유한 1세대(같은 조 제6호의 1세대를 말한다)가 2024년 1월 4일부터 2026년 12월 31일까지의 기간 중에 다음 각 호의 지역에 소재하는 주택으로서 주택 소재지, 주택 가액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주택(이하 이 조에서 "인구감소지역주택"이라 한다) 1채를 취득한 후 인구감소지역주택을 취득하기 전에 보유한 주택, 조합원입주권 또는 분양권을 양도하는 경우에는 그 인구감소지역주택을 해당 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아 「소득세법」 제89조제1항제3호 또는 제4호를 적용한다. <개정 2025.12.23, 2026.6.2> 1. 인구감소지역 2. 수도권 밖의 지역으로서 「지방자치분권 및 균형성장에 관한 특별법」 제2조제12호의2에 따른 인구감소관심지역 ② 1주택을 보유한 1세대(「종합부동산세법」 제2조제8호의 세대를 말한다)가 2024년 1월 4일부터 2026년 12월 31일까지의 기간 중에 인구감소지역주택 1채를 취득한 경우에는 같은 법 제8조제1항제1호에 따른 1세대 1주택자로 본다. ③ 제2항을 적용받으려는 납세의무자는 해당 연도 9월 16일부터 9월 30일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 세무서장에게 신청하여야 한다. ④ 제1항부터 제3항까지를 적용할 때 인구감소지역주택 취득 확인절차, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제77조 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득으로서 해당 토지등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 2026년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 15[토지등의 양도대금을 대통령령으로 정하는 채권으로 받는 부분에 대해서는 100분의 20으로 하되, 「공공주택 특별법」 등 대통령령으로 정하는 법률에 따라 협의매수 또는 수용됨으로써 발생하는 소득으로서 대통령령으로 정하는 방법으로 해당 채권을 3년 이상의 만기까지 보유하기로 특약을 체결하는 경우에는 100분의 35(만기가 5년 이상인 경우에는 100분의 45)]에 상당하는 세액을 감면한다. <개정 2013.1.1, 2014.1.1, 2014.1.14, 2015.8.28, 2015.12.15, 2018.12.24, 2021.12.28, 2023.12.31, 2025.3.14> 1. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이 적용되는 공익사업에 필요한 토지등을 그 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득 2. 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비구역(정비기반시설을 수반하지 아니하는 정비구역은 제외한다)의 토지등을 같은 법에 따른 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득 3. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따른 토지등의 수용으로 인하여 발생하는 소득 ② 거주자가 제1항제1호에 따른 공익사업의 시행자 및 같은 항 제2호에 따른 사업시행자(이하 이 조에서 "사업시행자"라 한다)로 지정되기 전의 사업자(이하 이 항에서 "지정 전 사업자"라 한다)에게 2년 이상 보유한 토지등(제1항제1호의 공익사업에 필요한 토지등 또는 같은 항 제2호에 따른 정비구역의 토지등을 말한다. 이하 이 항에서 같다)을 2015년 12월 31일 이전에 양도하고 해당 토지등을 양도한 날이 속하는 과세기간의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)를 법정신고기한까지 한 경우로서 지정 전 사업자가 그 토지등의 양도일부터 5년 이내에 사업시행자로 지정받은 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 제1항에 따른 양도소득세 감면을 받을 수 있다. 이 경우 감면할 양도소득세의 계산은 감면율 등이 변경되더라도 양도 당시 법률에 따른다. <신설 2010.12.27, 2013.1.1> ③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 해당 사업시행자는 제1항 또는 제2항에 따라 감면된 세액에 상당하는 금액을 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다. <개정 2010.12.27, 2017.2.8, 2020.6.9> 1. 제1항제1호에 따른 공익사업의 시행자가 사업시행인가 등을 받은 날부터 3년 이내에 그 공익사업을 시작하지 아니하는 경우 2.

제77조의2 대토보상에 대한 양도소득세 과세특례

① 거주자가 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 공익사업의 시행으로 해당 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 2026년 12월 31일 이전에 해당 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 양도차익으로서 토지등의 양도대금을 같은 법 제63조제1항 각 호 외의 부분 단서에 따라 해당 공익사업의 시행으로 조성한 토지로 보상(이하 이 조에서 "대토보상"이라 한다)받는 부분에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도소득세의 100분의 40에 상당하는 세액을 감면받거나 양도소득세의 과세를 이연받을 수 있다. <개정 2013.1.1, 2014.12.23, 2015.12.15, 2018.12.24, 2019.12.31, 2021.12.28, 2023.12.31> ② 제1항에 따른 공익사업의 시행자는 거주자가 같은 항에 따라 양도소득세의 세액을 감면받거나 해당 과세를 이연받으려는 경우에는 대통령령으로 정하는 방법으로 대토보상 명세를 국세청에 통보하여야 한다. <개정 2024.12.31> ③ 제1항에 따라 양도소득세를 감면받거나 과세이연받은 거주자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면받거나 과세이연받은 세액 및 이자 상당 가산액을 양도소득세로 납부하여야 한다. <개정 2014.12.23, 2019.12.31> 1. 대토보상받기로 한 보상금을 현금으로 받는 경우 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생하는 경우 2. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제63조제1항 단서에 따라 토지로 보상받기로 결정된 권리를 「부동산투자회사법」에 따른 부동산투자회사에 현물출자하는 경우 등 대토보상으로 취득하는 토지에 관한 소유권이전등기의 등기원인이 대토보상으로 기재되지 아니하는 경우 ④ 제1항에 따른 감면이나 과세이연을 받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청하여야 한다. <개정 2014.12.23> ⑤ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용하는 경우 대토보상의 요건 및 방법, 감면받거나 과세이연받은 세액의 납부 사유 및 방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <개정 2014.12.23>

제85조의7 공익사업을 위한 수용등에 따른 공장 이전에 대한 과세특례

① 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 공익사업의 시행으로 해당 공익사업지역에서 그 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일로 한다. 이하 이 조에서 같다)부터 소급하여 2년 이상 가동한 공장(공장을 사업인정고시일부터 소급하여 2년 미만 가동한 경우 양도일 현재 1년 이상 가동한 공장의 토지로서 사업인정고시일부터 소급하여 5년 이상 보유한 토지를 포함한다)을 공익사업 시행지역 밖의 지역(공익사업의 시행으로 조성한 공익사업 지역 안의 토지를 사업시행자로부터 직접 취득하여 해당 공장의 용지로 사용하는 경우에는 그 공익사업 시행지역을 포함한다)으로서 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하기 위하여 그 공장의 대지와 건물을 그 공익사업의 사업시행자에게 2026년 12월 31일까지 양도(공장의 대지의 일부만 양도하는 경우를 포함한다)함으로써 발생하는 양도차익에 상당하는 금액은 다음 각 호에 해당하는 방법에 따라 익금에 산입하지 아니하거나 양도소득세를 분할납부할 수 있다. <개정 2013.1.1, 2015.12.15, 2018.12.24, 2019.12.31, 2021.12.28, 2023.12.31> 1. 내국법인: 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니하는 방법. 이 경우 해당 금액은 양도일이 속하는 사업연도 종료일 이후 5년이 되는 날이 속하는 사업연도부터 5개 사업연도의 기간 동안 균분한 금액 이상을 익금에 산입하여야 한다. 2. 거주자: 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 양도소득세를 양도일이 속하는 해당 연도의 양도소득세 과세표준 확정신고기한까지 납부하여야 할 양도소득세로 보지 아니하는 방법. 이 경우 해당 세액은 양도일이 속하는 해당 연도의 양도소득세 과세표준 확정신고기한 종료일 이후 5년이 되는 날부터 5년의 기간 동안 균분한 금액 이상을 납부하여야 한다. ② 제1항을 적용받은 내국인이 대통령령으로 정하는 바에 따라 공장을 이전하지 아니하거나 그 공장의 양도일부터 3년 이내에 해당 사업을 폐업하거나 해산한 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 익금에 산입하거나 분할납부할 세액을 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 익금에 산입할 금액 또는 납부할 세액에 대해서는 제33조제3항 후단을 준용한다. ③ 제1항 및 제2항을 적용하는 경우 양도차익명세서의 제출이나 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제85조의9 공익사업을 위한 수용 등에 따른 물류시설 이전에 대한 과세특례

① 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 공익사업의 시행으로 해당 공익사업지역에서 그 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 5년 이상 사용한 대통령령으로 정하는 물류시설(이하 이 조에서 "물류시설"이라 한다)을 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하기 위하여 그 물류시설의 대지 또는 건물을 그 공익사업의 사업시행자에게 2026년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 양도차익에 상당하는 금액은 다음 각 호의 구분에 따른 방법으로 익금에 산입하지 아니하거나 양도소득세를 분할납부할 수 있다. <개정 2013.1.1, 2015.12.15, 2018.12.24, 2021.12.28, 2023.12.31> 1. 내국법인: 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니하는 방법. 이 경우 해당 금액은 양도일이 속하는 사업연도 종료일 이후 3년이 되는 날이 속하는 사업연도부터 3개 사업연도의 기간 동안 균분한 금액 이상을 익금에 산입하여야 한다. 2. 거주자: 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 양도소득세를 분할납부하는 방법. 이 경우 해당 세액은 양도일이 속하는 해당 연도의 양도소득세 과세표준 확정신고기한 종료일 이후 3년이 되는 날부터 3년의 기간 동안 균분한 금액 이상을 납부하여야 한다. ② 제1항을 적용받은 내국인이 대통령령으로 정하는 바에 따라 물류시설을 이전하지 아니하거나 그 물류시설의 양도일부터 3년 이내에 해당 사업을 폐업하거나 해산한 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 익금에 산입하거나 분할납부할 세액을 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 익금에 산입할 금액 또는 납부할 세액에 대해서는 제33조제3항 후단을 준용한다. ③ 제1항 및 제2항을 적용하는 경우 양도차익명세서의 제출이나 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

시행령·시행규칙

• 조세특례제한법 시행령 (2026.09.18 시행)
• 조세특례제한법 시행규칙 (2026.09.18 시행)

출처: 국가법령정보센터