조세특례제한법 일부개정법률안

현행 조세특례제한법

2026.09.18 시행 · 재정경제부

제66조 영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등

① 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제4조에 따라 농어업경영정보를 등록한 영농조합법인(이하 "영농조합법인"이라 한다)에 대해서는 2026년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 곡물 및 기타 식량작물재배업에서 발생하는 소득(이하 "식량작물재배업소득"이라 한다) 전액과 식량작물재배업소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 범위의 금액에 대하여 법인세를 면제한다. <개정 2013.1.1, 2014.1.1, 2015.12.15, 2018.12.24, 2021.12.28, 2023.12.31> ② 영농조합법인의 조합원이 영농조합법인으로부터 2026년 12월 31일까지 받는 배당소득 중 식량작물재배업소득에서 발생한 배당소득 전액과 식량작물재배업소득 외의 소득에서 발생한 배당소득 중 대통령령으로 정하는 범위의 금액에 대해서는 소득세를 면제한다. 이 경우 식량작물재배업소득에서 발생한 배당소득과 식량작물재배업소득 외의 소득에서 발생한 배당소득의 계산은 대통령령으로 정하는 바에 따른다. <개정 2013.1.1, 2014.1.1, 2015.12.15, 2018.12.24, 2021.12.28, 2023.12.31> ③ 영농조합법인이 조합원에게 지급하는 배당소득 중 제2항에 따라 소득세가 면제되는 금액을 제외한 배당소득으로서 2026년 12월 31일까지 받는 소득에 대한 소득세의 원천징수세율은 「소득세법」 제129조에도 불구하고 100분의 5로 하고, 그 배당소득은 「소득세법」 제14조제2항에 따른 종합소득과세표준에 합산하지 아니한다. <개정 2013.1.1, 2014.1.1, 2015.12.15, 2018.12.24, 2021.12.28, 2023.12.31> ④ 삭제 <2025.12.23> ⑤ 삭제 <2025.12.23> ⑥ 삭제 <2025.12.23> ⑦ 대통령령으로 정하는 농업인이 2026년 12월 31일 이전에 영농조합법인에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 현물출자하는 경우에는 이월과세를 적용받을 수 있다. <개정 2013.1.1, 2015.6.22, 2015.12.15, 2018.12.24, 2021.12.28, 2023.12.31, 2025.12.23> 1. 농지 또는 「초지법」 제5조에 따른 초지조성허가를 받은 초지(이하 "초지"라 한다) 2. 「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법」 제3조제1호에 따른 농작물재배업ㆍ축산업 및 임업에 직접 사용되는 부동산(제1호에 따른 부동산은 제외한다) ⑧ 제1항ㆍ제2항 및 제7항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청을 하여야 한다. <개정 2025.12.23> ⑨ 제7항을 적용받은 농업인이 현물출자로 취득한 주식 또는 출자지분의 100분의 50 이상을 출자일부터 3년 이내에 처분하는 경우에는 처분일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 제7항에 따른 이월과세액(해당 영농조합법인이 이미 납부한 세액을 제외한 금액을 말한다)을 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도소득세로 납부하여야 한다. <신설 2014.1.1

제68조 농업회사법인에 대한 법인세의 면제 등

① 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제4조에 따라 농어업경영정보를 등록한 농업회사법인(이하 "농업회사법인"이라 한다)에 대해서는 2026년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 식량작물재배업소득 전액과 식량작물재배업소득 외의 작물재배업에서 발생하는 소득 중 대통령령으로 정하는 범위의 금액에 대하여 법인세를 면제하고, 작물재배업에서 발생하는 소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득에 대해서는 최초로 해당 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도를 말한다)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 소득에 대한 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. <개정 2013.1.1, 2014.1.1, 2015.12.15, 2018.12.24, 2021.12.28, 2023.12.31> ② 삭제 <2025.12.23> ③ 대통령령으로 정하는 농업인이 2026년 12월 31일 이전에 농업회사법인(「농지법」 제2조제3호에 따른 농업법인으로 한정한다)에 제66조제7항 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 현물출자하는 경우에는 이월과세를 적용받을 수 있다. 이 경우 제66조제9항 및 제10항을 준용한다. <개정 2013.1.1, 2014.1.1, 2015.6.22, 2015.12.15, 2018.12.24, 2021.12.28, 2023.12.31, 2025.12.23> ④ 농업회사법인에 출자한 거주자가 2026년 12월 31일까지 받는 배당소득 중 식량작물재배업소득에서 발생한 배당소득 전액에 대해서는 소득세를 면제하고, 식량작물재배업소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득에서 발생한 배당소득은 「소득세법」 제14조제2항에 따른 종합소득과세표준에 합산하지 아니한다. 이 경우 식량작물재배업소득에서 발생한 배당소득과 식량작물재배업소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득에서 발생한 배당소득의 계산은 대통령령으로 정하는 바에 따른다. <개정 2011.12.31, 2013.1.1, 2014.1.1, 2015.12.15, 2018.12.24, 2021.12.28, 2023.12.31> ⑤ 제1항ㆍ제3항 및 제4항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청을 하여야 한다. ⑥ 삭제 <2025.12.23>

제69조 자경농지에 대한 양도소득세의 감면

① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2026년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. <개정 2010.12.27, 2011.12.31, 2013.1.1, 2015.12.15, 2016.12.20, 2018.12.24, 2021.12.28, 2023.12.31> ② 농업법인이 해당 토지를 취득한 날부터 3년 이내에 그 토지를 양도하거나 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 그 법인이 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 제1항에 따라 감면된 세액에 상당하는 금액을 법인세로 납부하여야 한다. ③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

제88조의5 조합 등 출자금 등에 대한 과세특례

① 농민ㆍ어민 및 그 밖에 상호 유대를 가진 거주자를 조합원ㆍ회원 등으로 하는 금융기관에 대한 대통령령으로 정하는 출자금으로서 1명당 2천만원 이하의 출자금에 대한 배당소득과 그 조합원ㆍ회원 등이 그 금융기관으로부터 받는 사업 이용 실적에 따른 배당소득(이하 이 조에서 "배당소득등"이라 한다) 중 2025년 12월 31일까지 출자함으로써 발생하는 배당소득등에 대해서는 소득세를 부과하지 아니하고, 2026년 1월 1일 이후 출자하여 발생하는 배당소득등에 대한 원천징수세율은 「소득세법」 제129조에도 불구하고 다음 각 호의 구분에 따른 세율을 적용하며, 그 배당소득등은 같은 법 제14조제2항에 따른 종합소득과세표준에 합산하지 아니한다. <개정 2013.1.1, 2015.12.15, 2018.12.24, 2020.12.29, 2022.12.31, 2023.12.31, 2025.12.23> 1. 2026년 1월 1일부터 2026년 12월 31일까지 출자함으로써 발생하는 배당소득등: 100분의 5 2. 2027년 1월 1일 이후 출자하여 발생하는 배당소득등: 100분의 9 ② 제1항에도 불구하고 같은 항에 따른 조합원ㆍ회원 등 중 제1호에 해당하는 거주자가 2026년 1월 1일부터 2028년 12월 31일까지 출자함으로써 발생하는 배당소득등에 대해서는 소득세를 부과하지 아니하고, 2029년 1월 1일 이후 출자하여 발생하는 배당소득등에 대한 원천징수세율은 「소득세법」 제129조에도 불구하고 제2호 각 목의 구분에 따른 세율을 적용하며, 그 배당소득등은 같은 법 제14조제2항에 따른 종합소득과세표준에 합산하지 아니한다. <신설 2025.12.23> 1. 거주자: 다음 각 목의 어느 하나에 해당할 것 가. 대통령령으로 정하는 조합의 조합원일 것 나. 가목 외의 거주자로서 다음의 어느 하나에 해당하는 소득기준을 충족할 것 1) 직전 과세기간의 총급여액이 7천만원 이하인 거주자(직전 과세기간에 근로소득만 있거나 근로소득 및 종합소득과세표준에 합산되지 아니하는 종합소득이 있는 자로 한정한다) 2) 직전 과세기간의 종합소득과세표준에 합산되는 종합소득금액이 6천만원 이하인 거주자(직전 과세기간의 총급여액이 7천만원을 초과하는 근로소득이 있는 자는 제외한다) 2. 원천징수세율 가. 2029년 1월 1일부터 2029년 12월 31일까지 출자함으로써 발생하는 배당소득등: 100분의 5 나. 2030년 1월 1일 이후 출자하여 발생하는 배당소득등: 100분의 9 ③ 제2항제1호의 요건을 충족하는 거주자 여부의 확인ㆍ관리, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <신설 2025.12.23>

제89조의3 조합등예탁금에 대한 저율과세 등

① 농민ㆍ어민, 그 밖에 상호 유대를 가진 거주자를 조합원ㆍ회원 등으로 하는 조합 등에 대한 예탁금으로서 가입 당시 19세 이상인 거주자가 2025년 12월 31일까지 가입한 대통령령으로 정하는 예탁금(1명당 3천만원 이하의 예탁금만 해당하며, 이하 "조합등예탁금"이라 한다)에서 2007년 1월 1일부터 발생하는 이자소득에 대해서는 비과세하고, 2026년 1월 1일 이후 가입하여 발생하는 이자소득에 대한 원천징수세율은 「소득세법」 제129조에도 불구하고 다음 각 호의 구분에 따른 세율을 적용하며, 그 이자소득은 같은 법 제14조제2항에 따른 종합소득과세표준에 합산하지 아니하고, 「지방세법」에 따른 개인지방소득세를 부과하지 아니한다. 1. 2026년 1월 1일부터 2026년 12월 31일까지 가입함으로써 발생하는 이자소득: 100분의 5 2. 2027년 1월 1일 이후 가입하여 발생하는 이자소득: 100분의 9 ② 제1항에도 불구하고 같은 항에 따른 거주자 중 제88조의5제2항제1호에 해당하는 거주자가 2026년 1월 1일부터 2028년 12월 31일까지 가입한 조합등예탁금에서 발생하는 이자소득에 대해서는 소득세를 부과하지 아니하고, 2029년 1월 1일 이후 가입하여 발생하는 이자소득에 대한 원천징수세율은 「소득세법」 제129조에도 불구하고 다음 각 호의 구분에 따른 세율을 적용하며, 그 이자소득은 같은 법 제14조제2항에 따른 종합소득과세표준에 합산하지 아니하고, 「지방세법」에 따른 개인지방소득세를 부과하지 아니한다. 1. 2029년 1월 1일부터 2029년 12월 31일까지 가입함으로써 발생하는 이자소득: 100분의 5 2. 2030년 1월 1일 이후 가입하여 발생하는 이자소득: 100분의 9 ③ 제2항의 적용대상 여부의 확인ㆍ관리, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제106조 부가가치세의 면제 등

①다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호부터 제3호까지, 제4호의5 및 제12호는 2026년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하고, 제4호의2, 제5호 및 제9호의2는 2028년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하며, 제8호 및 제8호의2는 2014년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 것에만 적용하고, 제8호의3은 2015년 1월 1일부터 2028년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 것에만 적용하며, 제9호는 2023년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하고, 제9호의3은 2024년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용한다. <개정 1999.4.30, 1999.8.31, 1999.12.28, 2000.12.29, 2001.5.24, 2002.8.26, 2003.5.29, 2003.12.30, 2004.7.26, 2004.12.31, 2005.12.31, 2006.12.30, 2007.12.31, 2008.2.29, 2008.12.26, 2010.1.1, 2010.12.27, 2011.12.31, 2013.1.1, 2013.3.23, 2013.6.7, 2014.1.1, 2014.12.23, 2015.8.11, 2015.8.28, 2015.12.15, 2016.1.19, 2016.2.3, 2016.12.20, 2017.12.19, 2018.12.24, 2019.12.31, 2020.6.9, 2020.12.29, 2021.12.28, 2022.12.31, 2023.12.31, 2025.10.1, 2025.12.23> 1. 「전기사업법」 제2조에 따른 전기사업자가 전기를 공급할 수 없거나 상당한 기간 전기공급이 곤란한 도서(島嶼)로서 기후에너지환경부장관(같은 법 제98조에 따라 위임을 받은 기관을 포함한다)이 증명하는 도서지방의 자가발전에 사용할 목적으로 「수산업협동조합법」에 따라 설립된 수산업협동조합중앙회에 직접 공급하는 석유류 2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 음식용역(식사류로 한정한다). 이 경우 위탁급식 공급가액의 증명 등 위탁급식의 부가가치세 면제에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 가. 공장, 광산, 건설사업현장 및 「여객자동차 운수사업법」에 따른 노선 여객자동차운송사업장의 경영자가 그 종업원의 복리후생을 목적으로 해당 사업장의 구내에서 식당을 직접 경영하여 공급하는 음식용역 나. 「여객자동차 운수사업법」 제11조에 따른 공동운수협정을 체결한 노선 여객자동차운송사업자로 구성된 조합이 그 사업자의 종업원에게 제공하기 위하여 대통령령으로 정하는 위탁 계약을 통하여 공급받는 음식용역 다. 「초ㆍ중등교육법」 제2조 및 「고등교육법」 제2조에 따른 학교의 경영자가 학생의 복리후생을 목적으로 학교 구내에서 식당을 직접 경영하여 공급하는 음식용역 라.

시행령·시행규칙

• 조세특례제한법 시행령 (2026.09.18 시행)
• 조세특례제한법 시행규칙 (2026.09.18 시행)

출처: 국가법령정보센터