조세특례제한법 일부개정법률안

현행 조세특례제한법

2026.09.18 시행 · 재정경제부

제66조 영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등

① 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제4조에 따라 농어업경영정보를 등록한 영농조합법인(이하 "영농조합법인"이라 한다)에 대해서는 2026년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 곡물 및 기타 식량작물재배업에서 발생하는 소득(이하 "식량작물재배업소득"이라 한다) 전액과 식량작물재배업소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 범위의 금액에 대하여 법인세를 면제한다. <개정 2013.1.1, 2014.1.1, 2015.12.15, 2018.12.24, 2021.12.28, 2023.12.31> ② 영농조합법인의 조합원이 영농조합법인으로부터 2026년 12월 31일까지 받는 배당소득 중 식량작물재배업소득에서 발생한 배당소득 전액과 식량작물재배업소득 외의 소득에서 발생한 배당소득 중 대통령령으로 정하는 범위의 금액에 대해서는 소득세를 면제한다. 이 경우 식량작물재배업소득에서 발생한 배당소득과 식량작물재배업소득 외의 소득에서 발생한 배당소득의 계산은 대통령령으로 정하는 바에 따른다. <개정 2013.1.1, 2014.1.1, 2015.12.15, 2018.12.24, 2021.12.28, 2023.12.31> ③ 영농조합법인이 조합원에게 지급하는 배당소득 중 제2항에 따라 소득세가 면제되는 금액을 제외한 배당소득으로서 2026년 12월 31일까지 받는 소득에 대한 소득세의 원천징수세율은 「소득세법」 제129조에도 불구하고 100분의 5로 하고, 그 배당소득은 「소득세법」 제14조제2항에 따른 종합소득과세표준에 합산하지 아니한다. <개정 2013.1.1, 2014.1.1, 2015.12.15, 2018.12.24, 2021.12.28, 2023.12.31> ④ 삭제 <2025.12.23> ⑤ 삭제 <2025.12.23> ⑥ 삭제 <2025.12.23> ⑦ 대통령령으로 정하는 농업인이 2026년 12월 31일 이전에 영농조합법인에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 현물출자하는 경우에는 이월과세를 적용받을 수 있다. <개정 2013.1.1, 2015.6.22, 2015.12.15, 2018.12.24, 2021.12.28, 2023.12.31, 2025.12.23> 1. 농지 또는 「초지법」 제5조에 따른 초지조성허가를 받은 초지(이하 "초지"라 한다) 2. 「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법」 제3조제1호에 따른 농작물재배업ㆍ축산업 및 임업에 직접 사용되는 부동산(제1호에 따른 부동산은 제외한다) ⑧ 제1항ㆍ제2항 및 제7항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청을 하여야 한다. <개정 2025.12.23> ⑨ 제7항을 적용받은 농업인이 현물출자로 취득한 주식 또는 출자지분의 100분의 50 이상을 출자일부터 3년 이내에 처분하는 경우에는 처분일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 제7항에 따른 이월과세액(해당 영농조합법인이 이미 납부한 세액을 제외한 금액을 말한다)을 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도소득세로 납부하여야 한다. <신설 2014.1.1

제68조 농업회사법인에 대한 법인세의 면제 등

① 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제4조에 따라 농어업경영정보를 등록한 농업회사법인(이하 "농업회사법인"이라 한다)에 대해서는 2026년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 식량작물재배업소득 전액과 식량작물재배업소득 외의 작물재배업에서 발생하는 소득 중 대통령령으로 정하는 범위의 금액에 대하여 법인세를 면제하고, 작물재배업에서 발생하는 소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득에 대해서는 최초로 해당 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도를 말한다)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 소득에 대한 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. <개정 2013.1.1, 2014.1.1, 2015.12.15, 2018.12.24, 2021.12.28, 2023.12.31> ② 삭제 <2025.12.23> ③ 대통령령으로 정하는 농업인이 2026년 12월 31일 이전에 농업회사법인(「농지법」 제2조제3호에 따른 농업법인으로 한정한다)에 제66조제7항 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 현물출자하는 경우에는 이월과세를 적용받을 수 있다. 이 경우 제66조제9항 및 제10항을 준용한다. <개정 2013.1.1, 2014.1.1, 2015.6.22, 2015.12.15, 2018.12.24, 2021.12.28, 2023.12.31, 2025.12.23> ④ 농업회사법인에 출자한 거주자가 2026년 12월 31일까지 받는 배당소득 중 식량작물재배업소득에서 발생한 배당소득 전액에 대해서는 소득세를 면제하고, 식량작물재배업소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득에서 발생한 배당소득은 「소득세법」 제14조제2항에 따른 종합소득과세표준에 합산하지 아니한다. 이 경우 식량작물재배업소득에서 발생한 배당소득과 식량작물재배업소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득에서 발생한 배당소득의 계산은 대통령령으로 정하는 바에 따른다. <개정 2011.12.31, 2013.1.1, 2014.1.1, 2015.12.15, 2018.12.24, 2021.12.28, 2023.12.31> ⑤ 제1항ㆍ제3항 및 제4항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청을 하여야 한다. ⑥ 삭제 <2025.12.23>

제121조의23 농업협동조합중앙회의 분할 등에 대한 과세특례

① 「농업협동조합법」에 따른 농업협동조합중앙회(이하 이 조에서 "농업협동조합중앙회"라 한다)가 2017년 12월 31일까지 「농업협동조합법」 제161조의2, 제161조의10부터 제161조의12까지와 법률 제10522호 농업협동조합법 일부개정법률 부칙 제6조에 따라 분할하는 경우에는 「법인세법」 제47조제1항의 요건을 갖춘 분할로 보아 이 법과 「법인세법」의 분할에 관한 규정을 적용하고, 이를 「부가가치세법」 제9조 및 제10조에 따른 재화의 공급으로 보지 아니한다. <개정 2013.6.7, 2014.1.1, 2016.12.27> ② 「농업협동조합법」 제161조의10에 따른 농협금융지주회사(이하 이 조에서 "농협금융지주회사"라 한다)가 농업협동조합중앙회와 2012년 6월 30일까지 「상법」 제360조의2에 따른 주식의 포괄적 교환(이하 이 조에서 "주식의 포괄적 교환"이라 한다)을 하는 경우에는 제38조제1항제1호의 요건을 갖춘 것으로 본다. <개정 2014.12.23, 2016.12.27> ③ 「농업협동조합법」 제161조의2에 따른 농협경제지주회사(이하 이 조에서 "농협경제지주회사"라 한다)가 농업협동조합중앙회와 2017년 12월 31일까지 주식의 포괄적 교환을 하는 경우에는 제38조제1항제1호의 요건을 갖춘 것으로 본다. <신설 2014.1.1, 2014.12.23, 2016.12.27> ④ 농협협동조합중앙회가 제1항에 따른 분할로 인하여 취득한 주식에 대하여 분할 당시 발생한 자산의 양도차익에 상당하는 금액으로서 손금에 산입하여 과세를 이연받은 금액은 해당 분할로 취득한 주식을 제3항에 따라 농협경제지주회사와 주식의 포괄적 교환을 하는 경우에 대통령령으로 정하는 바에 따라 다시 과세를 이연받을 수 있다. <신설 2014.12.23> ⑤ 농협경제지주회사와 법률 제10522호 농업협동조합법 일부개정법률 부칙 제6조에 따른 분할로 설립된 그 자회사가 대통령령으로 정하는 사업을 위한 목적으로 「농업협동조합법」에 따라 설립된 조합(조합원 및 조합공동사업법인을 포함한다)에 지출하는 금전, 재화 또는 용역에 대해서는 「법인세법」 제24조, 제25조 및 제52조를 적용하지 아니한다. <신설 2014.12.23> ⑥ 농업협동조합중앙회에 대해서는 「법인세법」 제29조를 적용하는 경우 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위에서 고유목적사업준비금을 손금에 산입할 수 있다. <개정 2013.3.23, 2014.1.1, 2014.12.23, 2016.12.27, 2018.12.24, 2025.10.1> 1. 「법인세법」 제29조제1항제1호가목 및 나목에 따른 소득금액 2. 「농업협동조합법」 제159조의2에 따라 농업협동조합의 명칭을 사용하는 법인에 대해서 부과하는 농업지원사업비 수입금액에 100분의 70에서 100분의 100까지의 범위에서 재정경제부장관과 농림축산식품부장관이 협의하여 재정경제부령으로 정하는 비율을 곱하여 산출한 금액 3.

시행령·시행규칙

• 조세특례제한법 시행령 (2026.09.18 시행)
• 조세특례제한법 시행규칙 (2026.09.18 시행)

출처: 국가법령정보센터